La costa di San Juan ospita oltre 200 siti di nidificazione documentati di tartarughe marine verdi, un traguardo di recupero raggiunto solo nell'ultimo decennio dopo aver rischiato l'estinzione negli anni '70.
La costa settentrionale della città si incurva in una serie di baie protette dove le colonie di corallo a corna di alce e corallo cerebrale prosperano sin dall'istituzione delle zone di conservazione marina nel 1999. Escambrón Beach, una mezzaluna di sabbia bianca incuneata tra l'Atlantico e le rovine del forte di San Gerónimo, costituisce il sistema di barriera corallina più accessibile della capitale, con una visibilità che supera regolarmente i 18 metri durante le ore mattutine.
Queste acque ospitano tartarughe embricate e liuto, oltre alla più comune varietà verde, attirando biologi marini presso le stazioni di monitoraggio permanente di Condado Lagoon e Isla Verde. Il Dipartimento delle Risorse Naturali di Porto Rico ha registrato un aumento del 340 percento nelle popolazioni di tartarughe giovanili tra il 2010 e il 2025, una ripresa attribuita all'applicazione delle leggi contro la pesca illegale e ai programmi di ripristino della barriera corallina finanziati da sovvenzioni federali. Le escursioni di snorkeling da San Juan operano ora secondo rigidi protocolli di incontro: divieto di contatto, distanza minima di due metri, gruppi limitati a otto nuotatori per guida.
Le isole orientali al largo — Icacos, Palomino, Culebra — offrono sistemi di barriera corallina più profondi accessibili in catamarano. La spiaggia di Flamenco e il complesso corallino di Tamarindo a Culebra si trovano all'interno del Culebra National Wildlife Refuge, una zona protetta di 600 ettari dove castagnole, pesci pappagallo e pesci angelo regina si radunano attorno alle formazioni di corallo staghorn. La temperatura dell'acqua rimane tra i 26 e i 29 gradi Celsius tutto l'anno, eliminando la necessità di mute. I venti alisei si placano tra l'alba e le 11:00, creando condizioni di superficie ideali per i principianti dello snorkeling.
I tour di snorkeling a San Juan a Porto Rico si sono evoluti da noleggi in spiaggia non regolamentati in esperienze di educazione marina certificate. La maggior parte degli operatori impiega ora guide naturaliste formate in RCP e primo soccorso marino, con attrezzature igienizzate secondo standard di sicurezza per la barriera corallina. Questo cambiamento riflette sia la domanda dei turisti per incontri strutturati con la fauna selvatica, sia la pressione normativa a seguito di una legge sulla gestione costiera del 2018 che ha imposto multe per i danni alla barriera corallina e le molestie alle specie protette.
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