Porto Rico ospita tre delle cinque baie bioluminescenti permanenti al mondo, ognuna delle quali accoglie il Pyrodinium bahamense, il dinoflagellato che emette luce blu-verde quando disturbato dal movimento.
Laguna Grande a Fajardo, La Parguera sulla costa sud-occidentale e Mosquito Bay a Vieques mantengono concentrazioni abbastanza dense da trasformare i colpi di kayak notturni in cascate di fuoco freddo. Il fenomeno persiste tutto l'anno, sebbene i cicli lunari e le piogge stagionali modulino la visibilità. I tour di kayaking, snorkeling e bio bay a Porto Rico operano ogni sera sia da Fajardo che da La Parguera, offrendo ciascuno ecosistemi e metodi di accesso distinti.
Laguna Grande di Fajardo si trova all'interno della Riserva Naturale Las Cabezas de San Juan, raggiungibile attraverso uno stretto canale di mangrovie che si apre in una baia di mezzo miglio. Il percorso costringe a pagaiare in fila indiana sotto le chiome delle mangrovie prima che la laguna si riveli. La bio bay di La Parguera si trova più al largo, accessibile tramite trasferimenti in motoscafo che riducono il tempo di voga ma aumentano la capacità dei partecipanti. Entrambi i siti mantengono severe zone vietate ai motori durante le ore serali per proteggere le colonie di dinoflagellati. Le temperature dell'acqua oscillano tra i ventisei e i ventinove gradi Celsius, abbastanza calde da consentire alla maggior parte degli operatori di permettere la balneazione quando le condizioni lo consentono. I tour di snorkeling sulla barriera corallina da Fajardo si abbinano spesso alle escursioni in bio bay come pacchetti combinati, sebbene le componenti diurne e notturne rimangano separate.
La scienza alla base della bioluminescenza è stata oggetto di studio sistematico solo negli anni Cinquanta, quando i ricercatori dell'Università di Porto Rico hanno documentato l'idrologia unica delle baie. Canali stretti e uno scambio di marea minimo creano gli ambienti a basso flusso necessari ai dinoflagellati. Le radici delle mangrovie depositano tannini e nutrienti che sostengono i microrganismi senza introdurre predatori. I tour odierni di kayaking, snorkeling e bio bay a Porto Rico aderiscono a protocolli che limitano le dimensioni dei gruppi e vietano le creme solari chimiche, misure progettate per preservare ecosistemi fragili. Kayak dal fondo trasparente e idrobici ora integrano le imbarcazioni a pagaia tradizionali, offrendo punti di vista alternativi. Gli operatori con base a Las Croabas fungono da hub di partenza per i gruppi diretti a Fajardo, mentre i tour di La Parguera partono dai moli pubblici del villaggio. Entrambe le regioni abbinano le pagaiate bioluminescenti a siti di snorkeling diurni — Palomino Island e Icacos Cay vicino a Fajardo, cay al largo vicino a La Parguera — creando itinerari di più ore che spaziano dall'esplorazione della barriera corallina ai fenomeni naturali notturni.
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